Avrupa kupalarında mücadele ettiği yıllarda başarılı bir performans gösteren Hamburg, 1997-98 sezonunda Intertoto Kupası'nda Samsunspor, 1999-2000 sezonunda yine Intertoto Kupası'nın yarı finalinde Trabzonspor ile eşleşti. 

Hamburg, Samsunspor'u Almanya'da oynanan tek maçta 3-1 mağlup ederek, eledi. 

Alman ekibi, Trabzonspor ile deplasmanda oynadığı karşılaşmada sahadan 2-2 beraberlikle ayrılırken, rakibini evinde 4-1 yenerek, elemeyi başardı. 

Türk takımlarına 9 gol atan Hamburg, kalesinde ise 4 gol gördü.