Avrupa kupalarında bugüne dek oynadığı 13 eleme turunda sadece 2 kez turu rakiplerine bırakarak, genelde başarılı bir performans ortaya koyan sarı-lacivertliler, bu iki kötü sonucu da Şampiyonlar ligi elemelerinde yaşadı.
UEFA Kupası ve Avrupa Ligi'nde çıktığı 5 eleme maçında da turu geçen Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'ndeki 8 eleme turunun 2'sinde kaybeden taraf oldu.
2002-2003 sezonunda Şampiyonlar Ligi elemesinde Hollanda'nın Feyenoord takımına elenen Fenerbahçe, 2006-2007 sezonunda da Ukrayna'nın Dinamo Kiev takımı karşısında turu geçememişti.
Fenerbahçe'nin Avrupa arenasında yaptığı eleme turu maçları ve aldığı sonuçlar şöyle:
SEZON RAKİP SONUÇLAR
---------------- ------------ --------------
UEFA Kupası
1994-1995 Turan 5-0 2-0(D)
1995-1996 Partizani Tiran 2-0 4-0(D)
1998-1999 Göteborg 1-2(D) 1-0
UEFA Avrupa ligi
2009-2010 Honved 5-1 1-1(D)
2009-2010 Sion 2-0(D) 2-2
Avrupa Şampiyonlar Ligi
1996-1997 Maccabi Tel Aviv 1-0(D) 1-1
2001-2002 Glasgow Rangers 0-0(D) 2-1
2002-2003 Feyenoord 0-1(D) 0-2 (Turu geçemedi)
2006-2007 B36 Torshavn 4-0 5-0(D)
2006-2007 Dinamo Kiev 1-3(D) 2-2 (Turu Geçemedi)
2007-2008 Anderlecht 1-0 2-0(D)
2008-2009 MTK Budapeşte 2-0 5-0(D)
2008-2009 Partizan 2-2(D) 2-1
(Not: Tablodaki sonuçlarda ilk takım Fenerbahçe olarak düzenlenmiştir.)