BAL'da 13 takımla temsil edilen İstanbul 3 grupta, 6 takımla temsil edilen İzmir ve 5 takımla temsil edilen Trabzon da 2 ayrı grupta temsil edilecek. İstanbul, İzmir ve Trabzon takımları, hangi grupta temsil edileceklerinin kurasını kendi illerinde çekecek.
Bölgesel Amatör Lig'de gruplarında birinci olan 11 takım Spor Toto 3. Lige çıkmaya hak kazanacak, son iki sırayı alan takımlar ise küme düşecek.
BAL'da 2012-2013 sezonu fikstür çekimi ve müsabakaların başlama tarihi, takımların saha denetimlerinin tamamlanması sonrası açıklanacak.
