Renk değiştiren futbolcular 1993-1996 arası Fenerbahçe’de oynayan Emre, 2000-2003 sezonunda Galatasaray forması giymiştir. Sarı-kırmızılı takımdan ayrıldıktan sonra 2006’da yine Galatasaray’a dönen Emre futbol kariyerini 2010 yılında noktaladı..