Futbolculuktan teknik direktörlüğe

Avcı’nın teknik direktörlük kariyeri de 1999–2000 sezonunda 7 maç başında kaldığı İstanbulspor’da başladı. 2002–2003 sezonunda A2 ve 2003–2004 sezonunda İstanbulspor Paf takımını çalıştırdı. Takip eden sezonda Galatasaray Paf takımını çalıştıran Abdullah Avcı Türkiye U17 takımının da başına getirildi. 2004’te U17’yi dünya 4. yapan Avcı, 2005’te Türkiye U17 Milli Takımı’nı Avrupa Şampiyonu yaptı. 2006 yılında Milli Takımlardaki görevinden ayrılarak İstanbul Büyükşehir Belediyespor’da teknik direktörlük görevine başladı. 2006–2007 sezonunda Lig A'yı 2. sırada bitiren İstanbul BB 2007–2008 sezonunda Süper Ligde oynamaya hak kazandı.