Futbolculuktan teknik direktörlüğe

Bundan sonra teknik direktörlük yaptığı Trabzonspor'da Türkiye Kupası'nı kazandı ve ligi 2. bitirerek Şampiyonlar liginde oynamaya hak kazandılar. Gençlerbirliği'inde 13. sıradaki takıma gelip o sezon ligi 5. sırada bitirdiler. 7 Eylül 2006 tarihinde Trabzonspor ile anlaşarak ikinci dönemine başlamıştır. Ziya Doğan, teknik direktörlük kariyerinde disiplini, oyuncuyla iyi ilişkiler kurmayı prensip haline getirmiştir. Ancak kamuoyu tarafından yıldız oyuncuları dizginlediği, onlardan tam anlamıyla yararlanamadığı ve defansa yönelik korkak futbolu benimsediği şeklinde eleştiriler almıştır.