Futbolculuktan teknik direktörlüğe

Gençlerbirliği, Samet Aybaba döneminde, Türkiye Kupası’nı tarihinde 2. kez müzesine götürdü. 2002 – 2004 yılları arasında Trabzonspor'da görev aldı. Trabzonspor'u ilk yılında Türkiye Kupası şampiyonu yaptı. İkinci yılında kendisine yönetim tarafından verilen para cezasını protesto ederek görevinden ayrıldı. Samet Aybaba, 2006 yılının başlarında tekrar Gaziantepspor'un teknik direktörlüğüne getirildi. 2007–08 sezonunun 10. haftasında Bursaspor'la anlaştı. Ertesi sezonun yine 10. haftasında 4 Kasım 2008 tarihinde Bursaspor'daki görevini bıraktı. Teknik adam aynı sezon içinde Gençlerbirliği'nin başına geçti, zor bir sezonun ardından yönetimle karşılıklı el sıkışarak görevinden ayrıldı. 7 Ekim 2010 tarihinde İzmir ekibi Bucaspor ile 1+1 yıllık anlaşma sağladı.Fakat Samet Aybaba 08.04.2011 tarihinde Bucaspor'daki görevinden de ayrıldı..